Desde sus inicios, en 1975, el Área de Protección del Medio Marino, era conocida como Sección de contaminación del CIOH y en ella se congregaban estudios de manejo de zonas costeras y procesamiento de muestras en los laboratorios de Química, Biología y contaminación, posteriormente se integró el laboratorio microbiología (1995).

Sin embargo, la DIMAR identificó la necesidad de focalizar los esfuerzos de protección del medio marino y de manejo integrado de zonas costeras en dos áreas orgánicas independientes. Es así que hacia el 2003 surgió el Área que actualmente es conocida como Área de Protección del Medio Marino (APROM).

APROM, ha tenido como norte el fortalecimiento de sus capacidades técnicas y de infraestructura, de forma tal que ha permitido contar con diferentes investigadores en las líneas de Química, calidad bioptica, Biología y Microbiología para realizar estudios y análisis de muestras ambientales marinas y estuarinas en matrices como agua, sedimentos y organismos.

La investigación de cada ecosistema marino costero requiere de personal altamente capacitado y comprometido, que, acompañado de laboratorios con tecnología de punta y plataformas oceanográficas, permite que se impulsen las diferentes investigaciones.

Actualmente APROM cuenta con 3 líneas de investigación principales, más de 15 investigadores científicos y una infraestructura física de laboratorio que permiten el desarrollo de sus líneas de investigación a través de los diferentes proyectos, programas de monitoreo y participación en expediciones científicas que buscan disponer de información relevante para la toma de decisiones mediante generación de conocimiento científico y técnico, fortaleciendo con ello el conocimiento en temáticas asociadas al estudio de la prevención de la contaminación, el cambio climático, acidificación de los océanos, series de tiempo in situ base para la validación de modelos oceánicos y atmosféricos y la identificación de indicadores ambientales, entre otros.