El Centro de Investigaciones Oceanográficas e Hidrográficas, fue creado mediante la resolución 283 del 9 de julio de 1975, como una dependencia de la Dirección General Marítima, con el fin de realizar investigaciones básicas y aplicadas en las diferentes disciplinas de la Oceanografía, Hidrografía, Manejo Integrado de Zona Costera y Protección del Medio Marino orientadas hacia elconocimiento, aprovechamiento y desarrollo sostenible de los recursos naturales del país.

En sus más de 32 años de labor investigativa, el CIOH obtuvo en la Convocatoria Nacional para la medición de grupos reconocidos por Colciencias año 2006, la reclasificación de sus grupos de investigación, así: "Oceanografía Operacional" en Categoría A e "Hidrografía" en Categoría C. Adicionalmente, cuenta con plataformas oceanográficas e hidrográficas para el apoyo a las actividades de investigación científica.

Adicionalmente cuenta con un laboratorio acreditado bajo la norma NTC ISO/IEC 17025:2001 para análisis físico-químico de aguas marinas y estuarinas en los siguientes parámetros: pH, amonio, nitrito, ortofosfatos. La acreditación fue otorgada por la Superintendencia de Industria y Comercio SIC, mediante Resolución No. 35566 de diciembre 22 de 2006.
En desarrollo del estudio oceanográfico de nuestros mares han participado varias instituciones nacionales e internacionales, que, con el CIOH a la cabeza desde 1975, han hecho grandes aportes al conocimiento de nuestros mares y al avance de la oceanografía colombiana.

Entre otras cabe mencionar a la Oficina Naval Oceanográfica de los Estados Unidos (NAVOCEANO), la Comisión Permanente del Pacífico Sur (CPPS), la Administración Nacional del Océano y la Atmósfera de los Estados Unidos (NOAA), la Comisión Oceanográfica Intergubernamental (COI), La Organización Hidrográfica Internacional (OHI), la Universidad de Miami, la Universidad de Harvard, el Instituto de Hidrología, Meteorología y Adecuación de Tierras (HIMAT, actual IDEAM), el Centro de Control de Contaminación del Pacífico (CCCP), etc.

Igualmente han participado las universidades nacionales, entre las que podemos mencionar: Universidad Jorge Tadeo Lozano, Universidad Nacional, Escuela Naval "Almirante Padilla", Universidad Javeriana, Universidad del Valle, Universidad de los Andes, Universidad Industrial de Santander, etc.
Asimismo, el CIOH presta servicios marinos especializados, destinados a apoyar la acción de las entidades nacionales e internacionales vinculadas al estudio y explotación de los océanos en los cuales vincula mediante contrato a especialistas, profesionales y tecnólogos externos.