Es el programa de investigación, desarrollo tecnológico y coordinación de todas las actividades del medio marino y atmosférico relativas a la oceanografía en general y a la meteorología marina, orientado al conocimiento de las características naturales territorio marítimo colombiano y sus áreas de influencia, como elemento estratégico de soberanía, en función del apoyo a las necesidades operacionales de la Armada Nacional y elemento fundamental en el desarrollo integral de la comunidad marítima nacional.

En la zona costera se da lugar a un complejo conjunto de interacciones y procesos físicos, químicos y antrópicos. Se podría decir que la costa es, probablemente, el ambiente más diverso y dinámico que actualmente se puede encontrar sobre la tierra. Esta condición ha estimulado mundialmente el estudio de los procesos que controlan la dinámica de los litorales y la forma como los cambios naturales y de origen humano han alterado estas regiones. No obstante, todo el conocimiento adquirido sobre las costas, la comunidad científica está todavía intentando encontrar las herramientas para modelar y entender la interacción de los múltiples factores que actúan en los litorales. Desde la Sección Manejo Integrado de Zona Costera se tiene como objetivo la generación de información técnica y científica para el control y administración de los litorales y áreas insulares del Caribe colombiano.

El área de Protección del Medio Marino se encuentra en la capacidad de realizar la evaluación de la calidad de agua de ecosistemas marinos costeros integrando los componentes fisicoquímicos, biológicos y microbiológicos. La capacidad del área se fortalece en el Sistema de Gestión de Calidad del laboratorio, el cual se encuentra acreditado bajo la NTC ISO 17025: 2005 en los siguientes ensayos: pH, salinidad, nitritos, nitratos, amonio, ortofosfatos, sólidos suspendidos totales, Coliformes totales, Escherichia coli, clorofila “a” y oxígeno disuelto.