Las funciones del CIOH son las que se encuentran consagradas en el Decreto 2324 de 1984, 1561 de 24 de julio de 2002, en su artículo 5to y en el DECRETO No. 5057 del 30 de diciembre de 2009, como se describen a continuación:
- Estudiar y ejecutar proyectos de investigación y evaluación de fenómenos oceanográficos, hidrográficos y de contaminación marina, de acuerdo a los programas de la Dirección General Marítima.
- Ejecutar y evaluar los proyectos de investigación que sean aprobados por la Dirección.
- Dar a conocer, según la clasificación de seguridad correspondiente, los resultados de proyectos ejecutados, a través del SIG; y las páginas web del centro y de la DIMAR.
- Prestar colaboración docente a la Escuela Naval de Oficiales “Almirante Padilla” en la materia de oceanografía e hidrografía, para pregrado, postgrado y cursos sobre temas específicos en dichas áreas.
- Desempeñarse como subsede académica de la Escuela Naval de suboficiales de Barranquilla desarrollando los programas académicos correspondientes al ultimo modulo (semestre) de las tecnologías de oceanografía e hidrografía.
- Suministrar servicios técnico-marinos de apoyo, datos oceanográficos e hidrográficos, análisis físicos, químicos y biológicos, metrología de equipos y elementos de laboratorio para la investigación y otras actividades marítimas.
- Elaborar proyectos de investigación y productos que apoyen las funciones de la Fuerza Pública.
- Apoyar a las Capitanías de Puerto en la elaboración de estudios técnicos de jurisdicción cuando les sea solicitado.
- Colaborar y participar conjuntamente con organismos nacionales o extranjeros en proyectos y/o estudios de investigación y desarrollo de interés Nacional en las áreas científicas de su competencia.
- Contribuir a los programas generales de preservación y conservación del medio marino.
- Controlar, vigilar y administrar los sistemas de medición de parámetros oceanográficos, meteorológicos de la entidad en su jurisdicción.
- Suministrar asesoría técnica y científica tanto a la Dirección General Marítima, así como los servicios prestados a las demás entidades públicas o privadas que lo requieran.